As células que revestem o estômago secretam o ácido clorídrico juntamente com o muco e o precursor da pepsina (uma enzima que quebra as proteínas). O ácido clorídrico baixa o pH do estômago (deixa ácido), pois isso é necessário para que a pepsina quebre as proteínas. Além disso, atua como barreira contra infecções, matando a maioria das bactérias.